Knauer ist seit Anfang 2001 bundesweit als Anwalt aktiv und hat seinen Schwerpunkt im Wirtschaftsstrafrecht und im Revisionsrecht. Er begann seine Laufbahn als Assistent am Institut für die gesamten Strafrechtswissenschaften an der Universität München, wo er weiterhin lehrt, und war einige Jahre im juristischen Verlagswesen, unter anderem als Leiter der deutschen Rechtsverlage des internationalen Verlagskonzerns Wolters Kluwer und als Verlagsbereichsleiter bei C. H. Beck, tätig. Knauer ist durch zahlreiche Vorträge und Veröffentlichungen aufgefallen.
Der renommierte Jurist war unter anderem im Siemens-Verfahren und im Wildmoser/Allianz-Arena-Verfahren als Individualverteidiger mandatiert. Zudem berät er zahlreiche Unternehmen, Vorstände, Aufsichtsräte und Gesellschafter präventiv und in strafrechtlichen Krisenfällen. Nach seiner Einschätzung wird „die Regelungsdichte durch den Gesetzgeber nicht zwingend weiter zunehmen“. Die Rechtsprechung „tendiere aber dazu, die strafrechtlichen Anforderungen an die Führungskräfte von Unternehmen zu verschärfen.“ Es sei zu hoffen, dass die Gerichte hier für Vorhersehbarkeit und Vereinheitlichung sorgen.